Freiheitsbrief Freienwil im Jahr 1507
Die erste urkundliche Erwähnung als "Friginwillare" erfolgte im Jahr 1230. Der Dorfname ist alemannischen Ursprungs und bedeutet "Hofsiedlung des Freien". Grundbesitzer im Hoch- und Spätmittelalter waren unter anderem die Klöster Einsiedeln, Sankt Blasien und Wettingen, sowie einige Bürger der Stadt Baden. Die hohe Gerichtsbarkeit wurde durch die Habsburger ausgeübt.
Die niedere Gerichtsbarkeit befand sich bis 1367 in den Händen der Herren von Rümlang, danach wechselten sich verschiedene Badener Bürger ab, bis die Freienwiler ab 1507 selbst bestimmen konnten. 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau und Freienwil war fortan ein Teil des Amts Ehrendingen in der Grafschaft Baden, einer gemeinen Herrschaft.
1798 eroberten die Franzosen die Schweiz und riefen die Helvetische Republik aus. Freienwil wurde eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden; seit 1803 gehört sie zum Kanton Aargau. 1870 wurden zahlreiche Häuser bei zwei Dorfbränden zerstört. Ende des 19. Jahrhunderts wanderten zahlreiche Dorfbewohner aus. Bis zur Mitte des 20. Jahrhunderts stagnierte die Bevölkerungszahl und stieg dann an, wenn auch bei weitem nicht so stark wie in den umliegenden Gemeinden.